日本人のハプログループは出アフリカ後、イランからアルタイ山脈を経由した北ルート説、インドから東南アジアを経由して日本に到達した説の2つがある。
日本人の35%はD1a2,30%はO1b2、20%はO2系だそうだ。
D1a2は日本列島固有に見られるタイプでアイヌが85%,次いで琉球民族で約40%, 本土日本人にも35%ほど見られる。
縄文人の血を色濃く残すとされるアイヌや一部の沖縄県民糸満や宮古島で高頻度に見られ、反対に漢民族や朝鮮民族等の周辺諸民族には殆ど見られないことから、ハプログループD1a2は縄文人に特徴的なY染色体だとされる。